I lavori di costruzione del Santuario furono portati a termine entro l'anno 1479, però non senza contrattempi e gravi difficoltà che solo l'intervento prodigioso del B. Amadeo riuscì a far superare felicemente. Dapprima si trattò di far cessare, per divino intervento, una interminabile siccità che, oltre ai danni arrecati alla campagna, impediva agli operai di cominciare i lavori; poi, per una sollecita ripresa dei medesimi, fu necessario vincere una sorda ed accanita resistenza di alcuni influenti cortigiani del duca Raimondo Orsini. Essi, approfittando di una sua lunga assenza, riuscirono a far desistere la duchessa dall'impresa. Così, per qualche tempo, parve che la costruzione del Santuario dovesse concludersi con un sicuro fallimento. Ma la divina provvidenza vegliava e, ancora una volta, volle servirsi dell'intervento prodigioso del B. Amadeo. Egli, dopo aver sollecitato più volte ma invano la ripresa dei lavori, venne un giorno chiamato d'urgenza al castello di Nerola della signora duchessa: il suo unico figlioletto, che già era stato guarito dalle preghiere del Beato, colpito una seconda volta da più grave malattia, era in fin di vita; ormai solo un miracolo poteva salvarlo. E il miracolo avvenne al tocco della mano benedicente del B. Amadeo e all'invocazione della Vergine SS. di cui era devotissimo. La signora duchessa, piena di riconoscenza verso il servo di Dio, comprese appieno il significato di quel prodigioso intervento e, senza altro indugio, fece riprendere molto alacremente i lavori. Entro pochi mesi furono condotti a termine. La nuova chiesa, consacrata nel 1479, venne dedicata alla Madonna delle Grazie in riconoscenza dei molti favori celesti che la famiglia degli Orsini aveva ottenuto dalla Vergine SS. mediante il B. Amadeo. Nella festa di Pentecoste dell'anno successivo, con una solenne processione, venne intronizzata nella sua cappella la sacra immagine della Madonna che lo stesso B. Amadeo, per rivelazione, aveva trovato nel castello di Nerola.